創建年は963年で清和源氏始祖である源経基がご祭神です。社名の六孫王というのは源経基のことで、経基が清和天皇第六皇子の貞純親王の子(天皇の孫)であることからそう呼ばれるようです。

また、六孫王大神(源経基)と並んで天照皇大御神、八幡大神が祀られています。

本殿は切妻造で京都市指定文化財として保存されています。かつては戦乱により焼失し、経基の墓所だけが残されていたこともあったようです。その後江戸幕府により社殿の再興が進められ1707年に再建が完成したと伝えられています。

経基の「死後は龍神となって邸内の池に住んで子孫の繁栄を祈る」という遺言にもあるように、境内には神龍池という池がありました。

他にも境内には稲荷社や弁才天社などが並んでいました。


稲荷社の隣に源満仲の産湯に使われた満仲誕生水という井戸のようなものがありましたが、現在は井戸としては使用されていないようでした。